Проектирование государственного фаунистического заказника «Усть-Вилюйский» проведено Институтом биологии Якутского филиала СО АН СССР в соответствии с плановым заданием Главохоты РСФСР и на основании хоздоговора с Управлением охотничье-промыслового хозяйства при Совете Министров Якутской АССР.

Все работы выполнялись специально созданной проектной группой в составе сотрудников Института биологии (директор Института биологии, профессор Щербаков И.П.) и Отдела экономики ЯФ СО АН СССР.

 Постановлением СМ ЯАССР и Главохоты РСФСР в 1986 году организован «Усть-Вилюйский» заказник, расположенный в Кобяйском районе, севернее реки Вилюй, общая площадь, занимаемая заказником, 1 миллион 016 тысяч Га, в том числе 71972 Га водных угодий (реки и озёра). Здесь обитает 26 видов рыб, 2 вида земноводных, 1 вид рептилий, 163 вида птиц (125 видов гнездящихся), 37 видов млекопитающихся. Значительный элемент в фауне региона составляют редкие и охраняемые виды, занесённые в Красную книгу СССР, РСФСР, ЯАССР. На территории заказника расположено множество водоёмов замкнутого типа и различных водотоков. Главные из водотоков, река Лена и два её крупных притока: река Ляписке длинной 299 км., площадь бассейна 10300 квадратных километров. И река Дянышка длинной 332 км., площадь бассейна 13300 квадратных километров. Река Лена в пределах заказника протяженностью около 70 километров течёт в северо-западном направлении. Ширина долины колеблется от 25 до 50 км.

«Усть-Вилюйский» заказник являлся структурным подразделением Охотничье-промыслового хозяйства при СМ ЯАССР (Начальник Управления Уваров Е.П., зам. начальника Сантаев В.Г.)

В 1986 году утверждён штат заказника: старший охотовед Юрий Привалихин, охотоведы: Сергей Астанин, Валерий Григорьев, егеря: Иван Кычкин, Михаил Пудов, Анатолий Инёшин, Вячеслав Мельников, Олег Галынский, Валерий Строев.С первого дня организации заказника приступили к строительству, обустройсву новых баз и кордонов в местностях Ыт-Халбыт, Курапашкалах, Дьюра, Кункучан, р. Дянышка. В выделении строительных материалов, техники, запчастей значительную помощь оказывал начальник сельхозуправления по Кобяйскому району С.И. Кобяков.

В полном объёме, согласно составленных совместных планов, проводились биотехнические охранные мероприятия. Проводились комплексные проверки территории заказника совместно с Кобяйским РОВД (Начальник отделения ООДУУМ и ПДН майор милиции В.Б. Шершнёв), Сангарским лесхозом (директор Б.И.Шабарский), охотинспекцией по Кобяйскому району (старший охотовед Н.Н. Унаров), с Якутским рыбнадзором (Начальник оперотряда С.Д. Дудкин).

В 1993 году Постановлением Правительства РС (Я) создаётся новое Министерство экологии и природопользования.

15 мая 1997 года Постановлением Правительства Республики Саха (Якутия) за № 196, «Усть-Вилюйский» заказник реорганизован в Национальный природный парк «Усть-Вилюйский». НПП является государственным природоохранным учреждением, структурным подразделением Министерства ораны природы РС (Я), министр В. Г. Алексеев.

При поддержке Министра охраны природы В. Г. Алексеева, зам. Министра  ООПТ Л.Е. Шматковой, начальника ООПТ И.К. Лазарева в 1999 году начато строительство основной базы парка кордона «Лямпушка», выделяется техника, запасные части, строительные материалы, в полном объёме обеспечены горюче-смазочными материалами, спецодеждой. Все кордоны оснащены радиостанциями, имеются оперативные радиостанции «Kenwood», имеется спутниковый телефон.

Достопримечательность НПП - это живописные ландшафты, познавательные природные объекты. На кордоне «Лямпушка» на постоянной основе с 1999 года действует в летний период экологический лагерь для подростков. В 2003 году на территории парка отдохнули более 50 школьников из Кобяйского улуса, города Якутска подростковый клуб «Отважный» (руководитель Черных Н.).  С ребятами проводили занятия ведущие учёные института биологии к.б.н. Захарова В.И ИБПК СО РАН  ., к.б.н. Иванова Е.И., к.б.н. Порядина Л.Н., директор ДБР МОП  Тяптиргянов М.М., ведущий специалист Попов А. из института геологии алмазов РАН зав. отделом Прокопьев А.В., из института экономики РАН профессор Сорокин Д.Е.. Ежегодно с учащимися школ проводятся конкурсы рисунков на природоохранные темы, выделяются денежные средства для приобретения подарков.

Ежегодно начиная с 1999 года по совместно составленным планам, на территории НПП проходят практику учащиеся Сангарского ПТУ-9 группы егерь-лесник, студенты Якутского сельскохозяйственного техникума.

С 1986 года на нашей территории работают комплексные экспедиции, в том числе и по нашим заказам - РАН Сибирское отделение института геологии и благородных металлов, Российско-Американская геологическая экспедиция, Российско-Германская геологическая экспедиция, институт биологических проблем криолитозоны СО РАН ДБР МОП РС (Я),  студенты биологи из Германии, Финляндии и т. д.

В 2001 году по программе реаклиматизации речного бобра на территории НПП «Усть-Вилюйский» в местности Курапашкалах выпушено 5 семей речного бобра. Второй выпуск речного бобра с целью реаклиматизации данного вида был произведён в августе 2002 года. Было расселено 46 особей речного бобра, составляющих 11 семей. Выпуск был произведён в трёх местах -  это озёрные системы Толон-Кюель, Бётеке, Арылах. В летне-осенний период 2002 года проводились поиски 5 семей бобров, выпушенных в 2001 году. Были найдены 3 из 5 семей, причём у двух из них был приплод текущего года. Животные второй партии подобрали себе места для зимовок, подготовили норы и заготовили древесные корма на зиму. Глубина водоёмов в местах поселений колеблется от 2 до 6 метров. Общая масса заготовок колеблется от 2 до 6 м3 древесины. Вблизи всех обнаруженных поселений заложена подкормка в объёме 1-2 м3, состоящая из осины, ивы и берёзы. В целом результаты работ показывают, что происходит естественный процесс расселения животных по территории НПП, животные успешно пережили зиму и высокий уровень весеннего 2002 года паводка, и самое главное произвели на свет первое на Якутской земле потомство.

В 2002 году была составлена Программа перспективного развития и обустройства Национального природного парка «Усть-Вилюйский» на 2001-2005 годы.  Более 70% данной программы администрацией парка реализованы.

В 2003 году заключен договор с Якутским отрядом ОМОН об отдыхе, реабилитации, совместном патрулировании территории НПП в весенне-осенний период.

С 1986 года со дня образования заказника «Усть-Вилюйский» работает Астанин Сергей Анатольевич, награждён знаком «Отличник охраны природы».

С 1996 года ст. госинспектор НПП Шаповалов Александр Александрович, госинспекторы НПП Вализер Юрий Александрович, Прокудин Алексей Викторович, старший бухгалтер Варавина Светлана Александровна.